1、尖銳溼疣損害和或HPV未被徹底去除
尖銳溼疣損害和或HPV未被徹底去除是造成尖銳溼疣復發的重要因素之一。有學者發現尖銳溼疣自發性消退或經治療去除疣體後仍有45%的患者存在HPV潛伏感染，其中67%的患者表現復發。這表明HPV未被機體徹底清除，殘留的尖銳溼疣病變或潛伏HPV感染是尖銳溼疣復發的主要原因。作者認爲在尖銳溼疣治療過程中每一種外用療法只要仔細操作，尤其是掌握達到徹底去除HPV感染的組織範圍和深度則會大大減少尖銳溼疣復發。但在臨牀治療過程中並非都能做到這一點，這與操作者技術水平或患者對尖銳溼疣病變了解的程度有密切的關係。
變性可以導致HPV顆粒釋放到真皮乳頭;②已知艾滋病患者的表皮朗格漢斯細胞、淋巴細胞和單核細胞內可以含有HIV，上述細胞在尖銳溼疣表皮內可能吞噬HPV DNA，它們可以從表皮遊走到真皮;③HPV病毒血症導致真皮內含有HPV，但由於用免疫學的方法未能在血清中發現病毒，故此種可能性極小。
2、尖銳溼疣接種感染
前面已提到在激光療法或手術切除療法等治療的過程中可能將含有HPV的病變組織污染其他部位，如對尖銳溼疣病變周圍或遠端皮膚粘膜的接種而發生尖銳溼疣。
3、被HPV污染的物品
在尖銳溼疣的傳染途徑中已敘述其間接傳染途徑，這也可能成爲尖銳溼疣復發因素之一。如患者用過的被HPV污染的毛巾等未加處理，再次接觸後可造成尖銳溼疣復發。Bergeron等觀察還發現被HPV污染了的內褲也是尖銳溼疣復發的原因。
4、性伴HPV感染或尖銳溼疣存在
患者的性伴有HPV感染或尖銳溼疣未徹底治療，患者尖銳溼疣治癒後如再次與其性接觸後則可引起尖銳溼疣復發。
5、特殊部位HPV存在
有些研究發現某些特殊部位的HPV感染未得到徹底治療而成爲HPV貯藏或庇護所，如女性宮頸部HPV感染、男性尿道口內HPV感染，還有資料顯示男性尿液中以及卵巢、子宮、子宮內膜、前列腺等部位有HPV存在。據Rosemberg報道男性亞臨牀HPV感染有22%發生在陰囊處，因爲人們很少注意至此區域是HPV的庇護所，所以陰囊可能是傳播或造成
