如附睾頭和體以及尾段的缺如，輸精管的一段或者完全的缺如，還有輸精管與附睾不連接，附睾和輸精管或者精囊發育不全等，這些都會造成輸精管堵塞的發生。
常見的先天異常有：輸精管先天未發育或發育不良、附睾發育異常，精囊不發育、前列腺和射精管發育不全、苗勒管或中腎管囊腫等。
附睾結核很快會感染到輸精管，使輸精管增粗、變硬，並呈現串珠樣改變，最終使附睾、輸精管功能完全喪失。
來自輸精管道本身或鄰近器官腫瘤壓迫所致管腔不通，也是造成輸精管堵塞，造成男性無精症的原因之一。
常見的腫瘤有：附睾腫瘤、精囊腫瘤、前列腺腫瘤等。
長期存在泌尿生殖系統感染疾病尤其是淋病及衣原體感染，沒有及時去治療，在炎症的長期刺激下，也會造成輸精管堵塞的發生。
患者有手術、損傷的病史。如疝修補術、精索鞘膜積水、精索靜脈高位結紮術、睾丸和隱睾手術等誤扎或損傷致輸精管管腔梗阻。輸精管造影也可誘發或加重輸精管梗阻、堵塞。
