附睾炎會是的附睾分泌的各種營養精子的物質明顯減少，使精子應在附睾獲得的各種能力明顯減弱，最終導致排出精液中不能活動的精子或死精子比率明顯增高。即便能活動的精子，其活動能力也減弱，從而引發弱精子症或死精子症。
附睾炎多是由細菌、病菌等引起的，若患者是感染支原體、衣原體等病原體所致，這些病原體產生的毒素也會毒殺生性脆弱的精子，使其死亡率大大增加。同時，白細胞、巨噬細胞等機體衛士在消滅病原體時，也可能不分好歹，誤傷或誤殺精子。炎症反應產生的大量代謝產物，也會毒害精子，造成畸形精子率上升、死精子增多。
附睾炎如果是由淋球菌、結核桿菌等病原體感染引起的，不僅會發生炎症反應而損害精子，而且極易引起附睾管腔的縮小或堵塞，導致近附睾端不完全性或完全性輸精管梗阻，這樣會讓精子被堵截在附睾管內出不去，從而造成男性出現梗阻性少精子症或無精子症。
附睾炎還是導致男子體內形成抗精子抗體的重要原因。抗精子抗體形成後，對男性生育也有很大影響。比如抗體進入血液循環，會影響生殖器官的功能。若抗精子抗體發生的免疫反應作用於睾丸組織，則能形成特殊的破壞作用，使睾丸的生精功能發生異常，出現生精障礙性無精子症。
