直徑在5 cm以下、沒有癌變風險的囊腫多采取西藥保守治療。常用藥物如下：
非甾體類抗雌激素藥物
非甾體類抗雌激素藥物如三苯氧胺，可以加速孕激素的形成，避免上皮細胞的增生，實現治療的目標，有效改善症狀。
孕激素拮抗劑
孕激素拮抗劑如米非司酮，可以抑制雌激素水平，達到治療的目的，該藥物可應用於巧克力囊腫中。
促性腺激素釋放激素激動劑
促性腺激素釋放激素激動劑、可以降低雌激素含量，使囊腫縮小。該藥物主要用於卵巢巧克力囊腫的患者。
抗生素
如果患者存在感染，需要遵醫囑服用抗生素類藥物。
附件區囊腫如果爲炎性囊腫，那麼在口服抗炎藥物的之後，可以有消除的可能性。但是如果附件區囊腫爲輸卵管卵巢的贅生性腫物，那麼在這種情況下，口服藥物是不會造成卵巢囊腫消除的，在這種情況，手術爲首選的治療方法，只有手術切除囊腫，纔是徹底治療附件區囊腫的唯一辦法。因此建議患者首先明確附件區囊腫的性質來源，然後再選擇是否口服藥物來治療。
首先，避免劇烈運動。臨產上經常發生這樣的病例，一些女性患者因爲平時不注意，做出突然、跨度大的體位變化，使囊腫組織破裂、扭轉。而卵巢囊腫一旦破裂、扭轉，情況會變得十分的棘手。
其次，飲食上要忌口。這是很重要的一方面。卵巢囊腫患者儘量不要食用辛辣酸鹽等刺激類食物，例如蔥薑蒜、花椒，還有一些內火較重的食物，比如羊肉、狗肉、韭菜等。可以多吃一些新鮮蔬菜、水果，提高身體的抵抗力，降低囊腫惡化的機率。
最後，保持樂觀開朗的心情。卵巢囊腫綜合症發病因素，與高強度的精神壓力分不開，所以生活中避免陷入緊張的情緒和壓力中，積極的開導自己，保持樂觀向上的情緒狀態，是治療卵巢囊腫重要保證。
溫馨提醒：卵巢囊腫是生育年齡的女性比較高發的疾病之一。建議女性朋友定期的體檢，來確保生殖健康。如果檢查出患有卵巢囊腫，平時要注意檢測囊腫變化情況，一旦出現異常現象，一定要及時就醫治療。
