新生兒可以適當的吃一些益生菌來調節腸胃功能，促進食慾，提高自身免疫力，但是注意不要吃的太多。
新生兒的腸道系統還沒有發育成熟，特別容易受到病菌的侵襲。雖然寶寶在剛出生時胃腸道是無菌的，隨着餵養方式和外界環境的影響，他們的腸道中就開始存在有害菌了。此時，如果給他們補充一些益生菌（有益菌），這些益生菌就會通過在腸道佔位、爭奪、排擠有害菌，併產生有機酸等物質，阻止有害菌的生長繁殖，起到屏障作用。這時腸道內的微生態環境處於平衡狀態，出現腹瀉、便祕、腹脹、消化不良等症狀的機率也會減少，寶寶也能有個健壯的腸道免疫系統。
嬰兒需要補充益生菌一般來說有兩個原因，一是提高免疫力，預防各種疾病的發生。二是可以促進消化，使得嬰兒健康快樂地成長。
益生菌通常存在於嬰兒的胃中，可以抵抗來自嬰兒腸道的病原菌的入侵和定植。因爲它們是強營養物質的攝取者，並緊緊附着在腸壁上。當腸道駐留足夠數量的嬰兒細菌時，有害細菌就沒有安頓的地方了。益生菌產生的醋酸和乳酸會增加腸道的酸度，進一步抑制不良細菌的生長。有助於保持嬰兒的正常體重。
