因爲人工授精前要促排卵治療，所以可能發生卵巢過度刺激綜合徵。輕者出現輕度腹脹，有的出現噁心、嘔吐、腹瀉等消化道症狀。甚者自覺腹脹、腹痛。重者出現血液濃縮、高凝狀態、電解質紊亂、肝腎功能損害等，甚至危及生命。
授精的時間選擇有一定的侷限性，你丈夫必須能夠在醫院裏的取精室通過手淫的方式將精液放入專用的杯子中。如果插入人工授精導管有困難，人工授精也會讓一些女性感到不舒服。同時，人工授精還可能會引起類似痛經的痙攣性疼痛。
因爲要用細管將優化的精液打入子宮，會增加子宮及輸卵管感染的機會。操作時會帶入細菌，處理精液時也可能導致細菌污染。
對於這個問題，專家說，多因宮腔插管困難或操作粗暴所致，所以首先選擇軟硬適度的授精管，操作者做到輕、穩、準，避免損傷宮頸管及子宮內膜造成出血，以免影響授精效果。
會出現異常的妊娠結局
人工授精的多胎妊娠發生率可達20%，宮外孕約2%-8%，自然流產率爲20% -30%。
如果供精者有傳染病，可能會傳給受精者。潛在的醫學倫理學、遺傳學危險在AID中，當一份供精者的精液爲兩名以上婦女授精後，這些婦女所生的子女從血緣關係上將屬於同父異母的兄弟姐妹。由於A1D的保密性，這些同父異母的子代是不能也無法相互認識的。他們成年後萬一恰巧成婚，即將造成血緣婚姻，可能會產生對子代的遺傳性危害。儘管這種巧合發生的機會很少。
夫婦間新鮮精液人工授精時多因精液注入速度過快、壓力過多以致發生子宮痙攣性收縮而疼痛。若做子宮腔內授精，如注入的精液過多，精液可經輸卵管流入腹腔，引起刺激性下腹痛，誘發下腹痙攣性疼痛。
性交方式的改變對心理有一定的影響，人工授精本身造成的緊張與迫切妊娠心理對排卵活動的規律性也會有一定的影響。
