男性服用瞭如呋喃類藥物，它可增加精子畸形率，此外，部分抗癌藥及免疫抑制劑等均可影響精子發育。
過敏反應、精神性應激反應等，長期抑鬱、緊張等，會導致內分泌紊亂，從而導致精子發育異常。體內某些相關激素的分泌不平衡，從而造成畸形率增高。有實驗證實，一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影響到患者曲細精管內精子的天生過程，導致精子畸形率升高。
泌尿生殖系統感染是導致精子畸形的重要因素。由於發生泌尿生殖感染疾病的時候，精液的中的營養成分會減少，使得精子發生畸形或者死亡。
各種病原體感染會影響睾丸生精功能，導致精子畸形。生殖道和生殖腺的病原微生物感染均可造成精子畸形率高，特別是UU和CT感染，在男性生殖系統這兩種病原微生物感染尿道、前列腺和附睾較爲多見。
經常接觸輻射、電離、高溫、超聲、電流和激光的男性，也容易導致精子畸形。因爲這些物理因素通過直接或間接兩種途徑作用於睾丸和附睾，導致精子數目減少，活力下降、畸形率增高。
男性有精索靜脈曲張等疾病，也可導致精子發育異常而致畸形，如不成熟精子或尖頭精子等。
經常吸菸酗酒、穿緊身褲、熬夜、不良的性生活習慣等，也可能導致男性精子畸形。
